Secţia de Ştiinţele Naturii este descendentul Societăţii de Ştiinţele Naturii din Timişoara (1873-1918) şi cuprinde mai multe colecţii structurate, stând mărturie la cei 142 de ani de activitate din acest domeniu.
Secţia de Ştiinţele Naturii deţine şi custodia ştiinţifică a Rezervaţiei Mlaştinile Satchinez (jud. Timiş), unde desfăşoară cercetări ecofloristice şi ecofaunistice, precum şi programe de educaţie ecologică permanentă. Totodată, deţine la Jimbolia Casa Naturii, un punct de informare euroregională privind patrimoniul natural şi conservarea acestuia.